Tip Tayini ve Mol. Epid. Lab.

Tip Tayini Laboratuvarı'nın Görevleri:
Tiplendirme,
  •   Erken uyarı
  •   Erken teşhis
  •   Enstitüye gönderilen marazi maddelerin tip tayinlerini yapmak
  •   Direkt olarak CFT veya ELISA ile tip tayini
  •   Doku kültüründe virus izolasyonu
  •   PCR ile tip tayini
Diğer hastalıklarda olduğu gibi şap hastalığında da doğru bir teşhis için prosedüre uygun marazi madde alınması ve gönderilmesi şarttır. Virus tespiti için marazi madde hastalığın klinik belirtilerinin başlangıcında alınmalıdır. Örnekler sürüyü temsil edecek sayıda ve şekilde olmalıdır. Mümkünse dezenfektan ve antibiyotik kullanılmadan önce alınmalıdırlar aksi takdirde numune alınan hayvanlarda hastalık seyrettiği halde laboratuarda pozitif sonuç vermeyebilir.
 
1. Dil, dudak, diş eti ve tırnak arası gibi bölgelerden epitel dokusu. Epiteller en az 1 gr (yaklaşık 2 cm²) büyüklüğünde olmalıdır.
2. Veziküler sıvı. Mümkünse  veziküler  sıvı  yırtılmamış  veziküllerden  enjektör  ile  steril    olarak alınmalıdır. En iyi numune patlamamış veziküllerdir. Veziküller yırtılmış ise vezikül kenarından epitel gönderilmelidir. Ağızdaki veziküller eskimiş ise ayak epiteli tercih edilmelidir.
3. Ölen hayvanlardan lenf nodülü, kalp, dalak, böbrek ve tiroid dokusundan parçalar gönderilebilir.
4. Ruminantlardan probang kabı yardımıyla alınan özofago-farengeal sıvı kuru buz veya sıvı azotta dondurularak gönderilebilir.
5. Kan ve serum: Kan antikoagulanlı tüplere konarak gönderilmelidir. Ayrıca uygun şekilde serum kandan ayrılarak gönderilebilir. Serum hastalanmış hayvanlardan veya aşılamadan en az 21 sonra alınmalıdır. Serum ayrıca aşılama periyodlarının tespiti için değişik zamanlarda amaca uygun alınıp gönderilebilir.
 
  • Veziküler sıvı steril şartlarda alındıktan sonra soğuk zincir kurallarına uyarak kısa süre içinde laboratuvara ulaştırılmalıdır.
  • Veziküller, epiteller ve diğer organ numuneleri gliserin izo buffer içinde gönderilmelidir (İzo buffer içinde gönderilen numunelerin pH’larının 7.6 civarında olmasına dikkat edilmelidir).
  • Numuneler alındığı çiftliğin, sürünün ve çevrenin durumunu rapor eden numune gönderme protokolü ile gönderilmelidir.
  • Numune taşınmasında kullanılacak tampon solusyonlar ve numune gönderme protokolü Şap enstitüsünden (Şap Enstitüsü P.K.714 06044 ANKARA) temin edilebilir.
 
Ayırıcı Teşhis:
Gerek klinik muayenede gerekse laboratuarda gönderilen mununede şap hastalığı teşhis edilemediği durumlarda şap ile karışan hastalıklar göz önünde bulundurulmalıdır. Mukozal lezyonlar, ayak lezyonları, salivasyon ve burun akıntısı gibi lezyonların görüldüğü vakalarda şap ile karışan hastalıklar göz önüne alınarak ayırıcı tanı kriterleri gözden geçirilmelidir. 
Şap hastalığı ile karışan hastalıkları 3 ana grup altında toplayabiliriz. 


1.Veziküler Hastalıklar:
Swine Veziküler Disease: Bu hastalığın doğal konakçısı domuzlardır. Diğer evcil hayvanlar bu hastalıktan etkilenmez. 
Veziküler Stomatitis : Ruminat ve domuzların yanında at vahşi hayvanlar ve insanlarda bu hastalığa duyarlıdır. Şaptan daha yavaş seyretmesine rağmen ayrımı zordur. 
Veziküler Exanthema : Yalnızca domuzlar duyarlıdır. 
Bu  üç  hastalığın  şaptan  klinik  olarak  ayrımı  zor  olmasına  rağmen  bu  hastalıklara yakalanmış genç hayvanlarda myokarditise bağlı ölümlerin görülmemesi önemlidir.

2.Mukozal Hastalıklar:

Mukozal Disease( BVD-MD ): Genellikle subklinik seyreder. Akut enfeksiyonun yanında intrauterin enfeksiyona bağlı yavru atma kongenital anomalili buzağı doğumları da görülür. Ağız lezyonları şapa benzemekle birlikte pis kokulu kanlı ishal, gözlerde akıntı ve keratit gibi lezyonların bulunması ve yüksek ölüm oranı ayırıcı bulgulardır. 

Sığır Vebası: Akut, ateşli ve çok bulaşıcı olup ölüm oranı % 100 dür. Hastalığın ilk belirtisi ateşten 2-5 gün sonra müköz membranlarda şekillenen nekrotik odaklar ve bunu izleyen hemorajilerdir. Dildeki lezyonların dilin alt yüzünde olması şaptan ayırmada önemli bir kriterdir çünkü şapta lezyonlar dilin üst yüzeyindeki epitellerde şekillenir. Bunun yanı sıra salyanın sığır vebasında uzayıcı iplik tarzında olmayışı, burun boşluğunda mukoprulent pis kokulu lezyonların olması, mukus içeren kanlı ishalin görülmesi ve ayaklarda lezyonların görülmemesi önemli ayırıcı tanı kriterleridir. 
Coryza Gangrenosa Bovum: Sporadik   olarak  seyreden,  akut   ve   ölüm   oranı  çok  yüksek olan  bir  hastalıktır. Semptomları  eroziv   stomatitis  ve   gastroenteritis,    üst     solunum yollarında   lezyonlar,   konjuktivitis, ensefalitis  ve  kutanöz  exanthem  ile  karakterizedir. Şaptan  ayrımında  sığırdan  sığıra bulaşmaması, ölüm oranının yüksek olması ve tipik göz lezyonlarının bulunması önemli kriterdir. 
IBR: Hastalığın  genç  dana  ve  buzağılarda  akut  respiratorik-alimenter  ve  sistemik   formu  şaptan ayırmada önemlidir. Ayrıca aftlar da görülmez. 
Mavi Dil: Hastalığın bulaşıcı olmaması mevsimsel olması, insektlerle nakledilmesi anomalili doğumların olması ve en önemlisi siyanozların görülmesi ile şaptan ayrılır.

3. Çiçek Grubu Hastalıklar:
Stomatitis Papullosa : Ağız bölgesinde görülür ve aftlar yoktur. 
Meme Çiçeği : Tipik püstül oluşumu vardır. Ağız ve ayakta lezyon görülmez. 
Orijinal İnek Çiçeği : Bütün vücutta püstüller vardır. 
Sığırların Mamillitis Hastalığı : Meme ve meme başlarında vezikül var bulaşma çok enderdir. 
Ecthyma- Contagiosum : Koyun ve keçilerin kılsız bölgelerinde özellikle dudaklar, meme, vajinal bölge ve tırnak aralarında püstüller ve kabuklu lezyonların görülmesiyle karakterizedir.

Moleküler Epidemiyoloji Laboratuvarı'nın Görevleri:  
Türkiye’de seyreden şap virusu suşları doğu sınırındaki ülkelerden köken almaktadır. Yasa dışı hayvan hareketleri ile sirayet eden bu suşlar eski suşların yerini alarak baskın hale gelmekte ve bu döngü yıllardır devam etmektedir. Yeni bir suşun bulaşabilirliğini sürdürebilmesi ülkeye adaptasyonuna, yani yeni varyantların ortaya çıkışına bağlıdır. Laboratuvarımızın amaçlarından biri sahada, şap virusunda meydana gelen genetik değişiklikleri izlemek ve çözümlemektir. Bunun ilk aşaması salgına neden olan suşun yeni bir suş mu (egzotik) yoksa yerleşik bir suş mu (endemik) olduğunun ayırt edilmesidir. Bu aşamada yeni suşun mevcut aşı bağışıklığı kapsamında olup olmadığı, hangi ülkelerden köken aldığı gibi sorulara yanıt aranır. Yeterli bilgi sağlanamadığında Enstitümüzün diğer birimleri tarafından antijenik karakterizasyon testleri ile yeni suşun, aşı ile uyumu araştırılır. Edinilen tecrübeler. yüksek düzeyde genetik farklılığa sahip suşların ülke ekonomisine ve hayvansal protein üretimine çok büyük zararlar verdiğini göstermektedir. Laboratuvarımızda bu tür suşların tespit edilmesi durumunda üst makamlar acil olarak bilgilendirilir.
 
Laboratuvarımızda ayrıca viral varyantların coğrafi bir konuma özgü olup olmadıkları araştırılır. Ya da bir coğrafi konumun tüm ülke için kaynak oluşturup oluşturmadığı izlenir. Genetik değişikliğe neden olan mekanizmalar araştırılır ve genetik değişikliğin gerçekleşme zamanının tahmin edilmesi üzerine araştırmalar yapılır.
Laboratuvarımız tarafından hücre kültürü gereksinimini kaldıran, serolojik tip tayinine alternatif, bir çok-katlı PCR metodu geliştirilmiştir.

Moleküler teknikler:
• Viral RNA nın elde edilmesi.
• Viral RNA nın reverse transkripsiyonu.
• PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu).
• PCR ürünlerinin elektroforez ile tespit edilmesi.
• PCR ürünlerinin saflaştırılması
• Kılcal metotla nükleotid dizi analizi
• Dizilerin tashihi

Filodinamik çözümleme teknikleri:
• Dizilerin hizalanması
• Genetik uzaklık metoduna göre soyağacı oluşturulması
• Oluşturulan soyağacının istatistikî testinin yapılması
• Evrim hızının belirlenmesi
• Suş salkımları arasındaki yüzde genetik uzaklıkların belirlenmesi
• Suşlar arasındaki yüzde genetik uzaklılıkların belirlenmesi
• Suşun ortaya çıkış tarihinin tahmin edilmesi
• Epidemiyolojik anlamın raporlanması

''